PT Mass Rapid Transit Jakarta (PT MRT Jakarta) didirikan pada tanggal 17 Juni 2008, setelah terlebih dulu mendapatkan persetujuan DPRD Provinsi DKI Jakarta melalui Peraturan Daerah No 3 Tahun 2008 mengenai Pembentukan BUMD PT MRT Jakarta dan Peraturan Daerah No 4 Tahun 2008 mengenai Penyertaan Modal Daerah di PT MRT Jakarta.
PT MRT Jakarta bergerak dalam bidang pengangkutan darat, dimana kegiatan usahanya terdiri dari penyelenggaraan prasarana dan sarana perekeretaapian umum perkotaan yang meliputi pembangunan, pengoperasian, perawatan dan pengusahaan prasarana dan sarana MRT, dan termasuk juga pengembangan dan pengelolaan kawasan di sekitar depo dan stasiun MRT.
PT MRT Jakarta memiliki struktur kepemilikan sebagai berikut :
• Pemerintah Daerah Provinsi DKI Jakarta: 99.5%
• PD Pasar Jaya: 0.5%
Selanjutnya, PT MRT Jakarta bertanggung jawab terhadap seluruh kegiatan mulai dari tahap Engineering Service, Konstruksi hingga Operasi dan Pemeliharaan. Dalam tahap Engineering Service, PT MRT Jakarta bertanggung jawab terhadap proses prakualifikasi dan pelelangan kontraktor. Dalam tahap konstruksi, PT MRT Jakarta mewakili Pemerintah Provinsi DKI Jakarta menandatangani kontrak dengan kontraktor pelaksana konstruksi, dan konsultan yang membantu proses pelelangan kontraktor, serta konsultan manajemen dan operasional. Sedangkan dalam tahap operasi dan pemeliharaan, PT MRT Jakarta bertanggung jawab terhadap pengoperasian dan perawatan termasuk memastikan agar tercapainya jumlah penumpang yang cukup untuk memberikan revenue yang layak bagi perusahaan.
PT MRT Jakarta didesain dan didirikan berdasarkan rekomendasi studi dari JBIC dan telah disetujui dalam kesepakatan antara JBIC dan pemerintah Indonesia, untuk menjadi satu pintu pengorganisasian penyelesaian proyek MRT ini. Berdasarkan pengalaman, ketidak-adaan satu pintu ini menyebabkan ketidakpastian tanggung jawab yang bisa berakibat keterlambatan proyek.